Embora o MEI tenha um regime simplificado de tributação, sua relação com o Imposto de Renda Pessoa Física (IRPF) deve ser considerada, especialmente em casos onde o empreendedor possui outra fonte de renda
O Superior Tribunal de Justiça (STJ) decidiu recentemente que as operadoras de planos de saúde devem incluir os repasses feitos a médicos e hospitais na base de cálculo da Cofins referentes a períodos anteriores a 2001.